Hiện tượng này biểu hiện qua việc các cá thể giống cây trồng của các thế hệ kế tiếp có sức sống kém dần, biểu hiện ở cây cối với các dấu hiệu phát triển chậm, chiều cao và năng suất giảm dần, nhiều cây bị chết, nhiều dòng bộc lộ đặc điểm có hại bị bạch tạng, thân lùn, dị dạng, hạt ít, chống chịu kém. Hiện tượng thoái hóa giống ở cây giao phấn là hiện tượng mà các cá thể của các thế hệ kế tiếp có sức sống kém dần, biểu hiện ở dấu hiệu phát triển chậm, chiều cao và năng suất giảm dần, nhiều cây bị chết yểu. Chất lượng giống chính là độ đồng đều, độ thuần di truyền của giống. Tuy nhiên giống có duy trì và giữ được độ thuần hay không còn tùy thuộc vào điều kiện canh tác cũng như yếu tố môi trường mà cây lúa phải gánh chịu. Sự thoái hóa giống (độ thuần di truyền) giảm sút là do các nguyên nhân chính:

• Giống bị lẫn tạp do yếu tố cơ giới gây nên, đây là nguyên nhân chủ yếu, có thể nói đến trên 80% là do nguyên nhân này gây ra như: khi thu hoạch, khâu tuốt nhai lúa mà không chú ý đến khâu phơi khô, rê sạch, làm sạch máy móc; không làm sạch sân phơi, bao bì không sạch, gieo sạ còn bị lẫn nền cũ còn lúa ma, nói chung tất cả các yếu tố cơ giới thực hiện trong quá trình sản xuất không làm đúng quy trình thì đều gây nên sự lẫn tạp và sẽ gây nên sự thoái hóa giống.
• Do quá trình thụ phấn chéo của cây lúa. Hoa lúa là loại hoa tự thụ song quá trình thụ phấn chéo, phấn lạ bay tới nó cũng được thụ phấn, chính vì vậy mà quy trình sản xuất giống lúa nguyên chủng và siêu nguyên chủng phải cách ly giữa các giống ít nhất phải được 5-10m. Hiện tượng này chiếm từ 2-5% tùy từng giống và điều kiện thời tiết, xảy ra nghiêm trọng nhất khi cây lúa trỗ tung phấn gặp điều kiện gió lớn.
• Quá trình canh tác không phù hợp cho giống đó như bón phân không cân đối, các giống lúa bị nhiễm sâu bệnh và cây lúa phải chịu các điều kiện khí hậu thời tiết khác như nóng quá hoặc rét quá cũng gây nên sự thoái hóa giống.
• Do điều kiện bất lợi về khí hậu thời tiết gây ra cụ thể như: quá khô hạn, ngập lụt kéo dài, nhiệt độ cao, bức xạ chiếu sáng lớn, sấm sét... cũng có thể gây ra sự đột biến cấu trúc của gene làm giống phân ly ra nhiều dạng hình, nhiều tầng giống dẫn đến năng suất giảm.

Vì vậy cứ sau 2 vụ bắt buộc phải về cơ sở sản xuất giống nhận, hoặc mua lại giống xác nhận, không nên sản xuất một giống trong nhiều vụ, nhiều năm trên cùng một thửa ruộng. Chọn giống có độ thuần cao, có nguồn gốc rõ ràng với tên giống cụ thể, cơ quan nào sản xuất, người sản xuất và ngày kiểm nghiệm cũng như thời hạn sử dụng. Chất lượng giống lúa và tiêu chuẩn hóa cho ngành phải thực hiện theo tiêu chuẩn.